Modèles de Markov Cachés
(Hidden Markov Models (HMMs))
HMMs et biologie moléculaire
T. AL ANI
Laboratoire A2SI-ESIEE-Paris
e-mail: t.alani@esiee.fr

07/09/01

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Table des matières

Modèles de Markov Cachés (Hidden Markov Models (HMMs)) HMMs et biologie moléculaire

1. HMMs et biologie moléculaire

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Acide Déoxy-Ribonucléique (ADN)(Deoxy-RiboNucleic Acid (DNA))

Acide Déoxy-Ribonucléique (ADN)(Deoxy-RiboNucleic Acid (DNA)) (suite)

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Kilobase (kb) (kilobase)

Génome (Genome)

Complémentarité (Complementarity)

Codon (Codon)

Gène (Gene)

Protéines (Proteins)

Synthèse de protéine (Synthesis of Proteins)

Acid Ribo Nucléique (ARN) (Ribo Nucleic Acid (RNA))

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DEFINITIONS DE QUELQUES TERMES EN MICROBIOLOGIERestriction (restriction) Mécanisme par lequel une cellule dégrade un ADN étranger.Ce phénomène fait intervenir une endonucléase spécifique (enzyme de restriction) et une enzyme de modification qui protège l'ADN de l'hôte.

DEFINITIONS DE QUELQUES TERMES EN MICROBIOLOGIEmodification d'un acide nucléique (modification)Toute transformation subie par les nucléotides après leur assemblage dans un polynucléotide.Par exemple, la méthylation peut moduler le taux d'expression d'un gène, masquer les sites d'une enzyme de restriction, etc..

Promoteur(promotor) Séquence d'ADN nécessaire à l'initiation de la transcription et le plus souvent située en amont de la partie transcrite des gènes.

codon d'initiation (start codon, initiation codon) Triplet qui signale le début du message génétique sur un ARNm.La traduction de l'ARNm en protéine commence au codon d'initiation. Le codon d'initiation est le plus souvent AUG, qui code pour une méthionine.

codon non-sens ou codon de terminaison ou codon d’arrêt (stop codon, nonsense codon, nonsense triplet) Triplet qui signale la fin d'un message génétique sur un ARNm.Les codons non-sens ne correspondent à aucun acide aminé, la traduction de l'ARNm en protéine cesse donc à partir du codon non-sens.Les codons non-sens sont le plus souvent UAA, UAG, UGA.

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Modèles de Markov cachés - application : Description des îlots CpG

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Auteur:AL ANI

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HMMs et biologie moléculaire
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