.. include:: weblinks.txt

.. _environnement:

Environnement de travail
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Un environnement de travail nécessite de disposer sur sa machine, du langage lui même et d'un environnement d'édition et d'exécution.

Le langage
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Pour Windows, on trouvera la dernière version du langage `sur cette page <https://cran.r-project.org/bin/windows/base/>`_.

Pour Linux, on trouvera les commandes d'installation pour les distributions de type Debian dans `cet article <https://linuxize.com/post/how-to-install-r-on-ubuntu-20-04/>`_.

Un IDE
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L'environnement d'édition et d'exécution standard est `R Studio Desktop <https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/>`__. Choisir la licence Open Source Edition. On trouvera un résumé des principales commandes sur la page : `RStudio IDE cheatsheet <https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/main/rstudio-ide.pdf>`_.

Packages
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Un langage ne se suffit pas à lui même et nécessite l'installation de packages additionnels. Parmi les milliers de packages disponibles pour R, on s'intéressera exclusivement à ceux regroupés dans l'éco système `tidyverse <https://tidyverse.tidyverse.org/>`_. C'est en fait une famille de packages décrite par "a set of packages that work in harmony because they share common data representations and API design". Dans la suite de ce cours, la programmation se fera exclusivement avec les packages **Tidyverse**.

.. important::
    Tout ce qui est fait avec **Tidyverse** peut être fait par des fonctions R core, mais les solutions sont beaucoup plus longues et complexes à mettre en oeuvre.
	
.. tip::
	En remplacement de R Studio, il est possible d'utiliser VS Code en suivant les instructions contenues dans `ce document <https://code.visualstudio.com/docs/languages/r>`_. 


Installation de tidyverse
.........................

A partir d'un prompt R, l'installation de packages est très simple:

.. code-block:: r

    > install.packages("tidyverse")

Cette commande permet le téléchargement à partir du dépôt officiel : `CRAN <https://cran.r-project.org/>`_.

On peut également faire l'installation à partir du `dépôt GitHub <https://github.com/tidyverse/tidyverse>`_ après avoir installé le package `devtools <https://www.rdocumentation.org/packages/devtools>`_:

.. code-block:: r

    > install.packages("devtools")
    > devtools::install_github("hadley/tidyverse")


Si l'installation de R et R Studio s'est déroulée correctement, le message suivant apparaît:

.. code-block:: r

    package ‘tidyverse’ successfully unpacked and MD5 sums checked

Des warnings peuvent être émis s'il y a un écart entre la version de R installée sur la machine et celle utilisée pour construire le package:

.. code-block:: r

    ...
    Warning: package 'ggplot2' was built under R version x.y.z
    Warning: package 'tibble' was built under R version x.y.z
    Warning: package 'tidyr' was built under R version x.y.z
    Warning: package 'readr' was built under R version x.y.z
    Warning: package 'purrr' was built under R version x.y.z
    Warning: package 'dplyr' was built under R version x.y.z
    ...

.. warning::

    Le numéro de version x.y.z ci dessus dépend de l'installation de la machine et de la version du package

Cet écart n'est pas forcément très ennuyeux, mais c'est cependant une bonne idée de mettre R à jour:

.. code-block:: r

    > install.packages("installr")
    > library(installr)
    > updateR()

ainsi que R Studio:

.. image:: images/02-install-updateRstudio.png
    :scale: 75 %
    :align: center
    :alt: Update R Studio

La version utilisée pour ce cours est la version ``4.0.2`` ou supérieure:

.. code-block:: r

    > version
                _                           
    platform       x86_64-pc-linux-gnu         
    arch           x86_64                      
    os             linux-gnu                   
    system         x86_64, linux-gnu           
    status                                     
    major          4                           
    minor          0.2                         
    year           2020                        
    month          06                          
    day            22                          
    svn rev        78730                       
    language       R                           
    version.string R version 4.0.2 (2020-06-22)
    nickname       Taking Off Again